商标注册网上申请流程如下：

一、申请“商标数字证书”
商标代理机构应当先申请“商标数字证书”，然后才能代理商标注册网上申请,详情请查阅“商标数字证书申请流程”
。
二、下载并安装数字证书驱动程序和安全控件
登录商标网上申请系统首页，下载数字证书驱动程序和安全应用控件软件，并按照“商标数字证书（KEY）安装指南”的要求进行安装，详情请查阅“商标数字证书（KEY）安装指南”和“商标数字证书(key)使用注意事项”。

三、进行网上申报
选择“商标代理机构登录”，插入数字证书，输入PIN码，点击“登录”进入系统，阅读填写要求并按规定操作。

四、缴纳商标规费
提交商标注册网上申请，商标代理机构应向商标局足额预付商标规费。详情请查阅“商标网上申请缴费须知”。

五、商标注册网上申请申请及提交材料
商标注册业务网上申请后，可通过“我的帐户-我的申请”查询并核对申请信息，确认是否提交成功，当日可修改或删除申请件。

自2014年5月1日起，注册申请无需提交纸质文件，但申请人要求优先权的，应按要求向商标局提交纸质的优先权证明文件。